سازمانهای تحقیق و توسعه که با هدف مطالعات و پژوهشهای بنیادی، کاربردی و توسعه ای در زمینه های مختلف ایجاد می شوند، ماهیتی متفاوت نسبت به سازمانهای عملیاتی و خدماتی دارند. بسیازی از معیارهای ارزشیابی که در موسسات اجرائی کاربرد قابل قبولی دارد، در سازمانهای R&D جواب نمی دهد. بنابراین مؤلفه های مرتبط با انجام پروژه های تحقیقاتی، گزارشات علمی، تولید صنعتی یا نیمه صنعتی حاصل از انجام یک تحقیق، دانش فنی، خدمات مشاوره ای علمی و آموزشی، بیان نتایج تحقیقات در قالب مقالات ارائه شده در کنفرانسهای علمی یا نشریات معتبر تخصصی، تسلط بر فن آوری و ..... باید علاوه بر شاخصهای موجود مدنظر قرار گیرند. از طرفی معیارهای انگیزش نیز در پژوهشگران تا حدی متفاوت تر و پیچیده تر است. در تحقیقی که اخیراً Shell بر روی برخی ازکارشناسان خود از بعد انگیزشی انجام داد، به این نتیجه دست یافته که بیش از 50 عامل انگیزشی در این افراد مؤثر است که کمتر از 10 مورد آن مادی و مالی است. در واقع می توان نتیجه گرفت که در سازمانهای R&D در صورتی که پژوهشگر احساس کند می تواند عملکرد بالایی داشته باشد، احتمالاً عملکرد خوبی ارائه خواهد داد. این بدان معنی است که نفس انجام تحقیق بخودی خود عامل برانگیزاننده قوی محسوب می شود و بخصوص اگر منتج به نتایج مطلوب شود که در این صورت تأثیر آن بی نهایت خواهد بود.

کبیری (1377) به نقل از رابینز ،پاداش ها را بطورکلی به دو صورت درونی و بیرونی تقسیم بندی می کند. پاداش های درونی که افراد برای خود دریافت می دارند وعمدتاً از رضایت خاطر کارمندان از مشاغل خود آنها مانند گوناگونی فعالیت ها، کار جالب تر ، آزادی و اختیار، فرصت برای رشد شخص، مسئولیت بیشترو شرکت در تصمیم گیری و .... است.

پاداش های بیرونی معمولاً به انتظار کارمندان از تعادل بین ارزیابی خود آنها از کاری که برای سازمان انجام می دهند و دریافت آنها اطلاق می گردد و به پاداش های مستقیم مانند حقوق ، دستمزد، سهیم شدن در سود، اضافه کاری و..... و پاداش های غیرمستقیم مانند منشی اختصاصی، عناوین و القاب و ... اطلاق می گردد.

در یک مطالعه روی 360 مدیر در پاسخ به این سئوال که چرا کارکنان در ورزش آزاد در یک مطالعه (بدون چشم داشت پولی) تلاش سخت تری را ارائه می دهند تا در انجام کارشان علیرغم دریافت پول ،نتایج به شرح ذیل اولویت بندی می گردد:

در ورزش هدف دقیقاً روشن و مشخص شده است؛ در ورزش امتیاز مشخص و آگاهی از آن وجود دارد ؛ در ورزش تاکید بر تمرین است ؛ در ورزش بازخور مستمر است و در ورزش مقررات عوض نمی شود.

تقویت عملکرد به عنوان رویکرد جدید مبتنی بر تئوری تقویت است و بر این اعتقاد است که رفتار کارمند تابعی از پیامدهای احتمالیش است. در واقع هر چیزی که موجب دوام و تکرار یک رفتار شود، یک تقویت کننده نه یک پاداش، نامیده می شود. بنابراین رفتارهایی که بر عملکرد ،اثرات مثبت دارند به جای آنکه به طورکورکورانه پاداش داده شوند، باید برحسب دفعات وقوع تقویت شوند. شناخت این حقیقت رفتاری برای مدیریت یک چالش مهم بحساب می آید و بدان معناست که تقویت کردن لزوماً به معنای اعطای پاداش نمی باشد. پاداش به چیزی اطلاق می شود که برای دریافت کننده ارزشمند باشد، درحالیکه یک تقویت کننده همواره دوام و دفعات انجام رفتارهای مرتبط با عملکرد و در عین حال تخصصی را افزایش می دهد.

برای برخورداری از یک سازمان کارا و اثر بخشR&D ، کارکنان باید دقیقاً در راستای تحقق اهداف و مقاصد سازمان کار کنند. از دیدگاه مدیر موفق، تشویق کارکنانی که عملکردشان به موفقیت سازمان کمک می کند، کاری عاقلانه است. نظام ارزیابی عملکرد باید به گونه ای باشد که کارکنان رانسبت به بهبود عملکرد و درنتیجه مشارکت در بهره وری اثربخشی و برتری سازمان برانگیزاند.

جین وترایاندیس (1990) در خصوص ارزیابی عملکرد اظهار می دارد:

علیرغم ضرورت آگاهی محقق از نتایج عملکرد خود و تأثیر آن در افزایش انگیزش به جهت بهبود توسعه کاری، در عمل، هیچ چیز به انــدازه ارزیابی، عمـلکرد مدیران تحقیق و توسعه را با مشکل روبرو نمی سازد. برخی ارزیابی را معادل قضاوت و برخی آن را وسیله ای برای اعمال سلطه بر کارکنان و دخالت در زندگی خصوصی می دانند، این در حالی است که ارزیابی عملکرد در سازمان های تحقیقاتی به دلیل تعیین میزان موفقیت گروهی، شناسائی نقاط قوت و ضعف و نتیجتاً تقویت نقاط قوت انجام می پذیرد. در ادامه پاره ای از عناصر مطرح در نظام ارزیابی عملکرد محقق آورده می شود».

مشکلات ارزیابی کارکنان تحقیق و توسعه بدلیل پیچیدگی کار مضاعف می گردد. در سازمان های تحقیقاتی بدلیل انجام مشارکت آمیز فرایند کار و عدم تعلق نتیجه یک کار تحقیقاتی به یک فرد خاص، مدیر بایستی به جـــای ارزیابی عملکرد فرد خاص به ارزیابی عملکرد یک مجموعه بـپردازد. بنابراین به سخــتی می توان میزان مشارکت یک محقق خاص را در دستاوردهای گروه تعیین کرد.